1、防潮 如果室內潮濕，光學鏡片容易生霉，生霧。一旦生霉，很難除去。內部的鏡 片由于不便擦拭，潮濕對其危害性更大。機械零件受潮，容易生銹。為了防潮，除了選擇干燥的房間外，存放地點也應離墻、離地、遠離潮濕。顯微鏡箱內應放置1-2袋硅膠作干燥劑。
2、防塵 光學元件表面落入灰塵，不僅影響光線通過，而且經光學系統放大后，會生成很大的污斑，影響觀察。灰塵、砂粒落入機械部分，還會增加磨損，引起運動受阻，危害同樣很大。因此，經常保持顯微鏡的清潔。
3、防腐蝕 顯微鏡不能和具有腐蝕性的化學試劑放?一起，如硫酸、鹽酸、強堿等。
4、防熱 防熱的目的主要是為了避免熱脹冷縮引起的開膠與脫落。

使用時一定要正確操作，小心謹慎。在不少情況下，儀器的損壞是由于操作粗心或操作方法錯誤引起的。例如：

1、微調是顯微鏡機械裝置中較精細而又容易損壞的元件，擰到了限位以后，就擰不動了。此時決不能強擰。否則，必然損壞。調焦時，遇到這樣情況，應將微調退回3~5圈，重用粗調調焦，待初見物像后，在改用微調。如能事先將微調調至中間位置(一般在微動燕尾的側面上刻有位.標記"- ="當微動燕尾上的單線對著兩橫線的中間時，微調即處于中間位置)，使正反兩個方向都有大體相等的調節余量，當然更好。
2、使用高倍鏡觀察液體標本時，一定要加蓋玻片。否則，不僅清晰度下降，而且試液容易浸入高倍鏡的鏡頭內，使鏡片遭受污染和腐蝕.
3、油鏡使用后，一定要擦拭干凈。香柏油在空氣中暴露時間過長，就會變稠和干涸，到這時再去擦拭就比較困難了。鏡片上留有油漬，清晰度必然下降。
4、儀器出了故障，不要勉強使用。否則，可能引起更大的故障和不良后果。例如，在粗動手輪不靈活時，如果強行.動，會使齒輪、赤條變形或損壞。
平時對顯微鏡的各光學部分的表面，用干凈的毛筆清掃或用擦鏡紙擦拭干凈即行。在鏡片上有摸不掉的污物、油漬或手印；鏡片生霉、生霧；長期挺用后復用時，需要進行比較認真的擦拭。

擦拭范圍 目鏡和聚光鏡允許拆開。物鏡因結構復雜，裝配時又要專門的儀器來校正才能恢復原有的精度，故嚴禁拆開。 拆卸目鏡和聚光鏡時，要注意以下幾點：

(1)、 拆卸時要標記各元件的相對位置(可在外殼上劃線作標記)、相對順序和鏡片的正反面，以防重裝時弄錯。
(2) 、操作環境保持清潔、干燥。拆卸目鏡時，只要從兩端旋出上下兩塊透鏡即可。目鏡內的視場光欄不能移動，否則會使視場界線模糊，聚光鏡旋開后嚴禁進 鏡，因其上透鏡是油浸的，出廠時經過良好的密封，在分解會破壞它的密封性 2.擦拭方法 先用干凈的毛筆或吹風球除去鏡片表面的灰塵。然后用干凈的絨布在 鏡片中心開始向邊緣作螺旋形單向運動。擦完一次把絨布換個地方，直至擦干凈為止。如果鏡片上有油漬、污物或指印等擦不掉時，可用柳枝條裹上脫脂棉，蘸少量酒精和乙醚 合液(酒精80%，乙醚20%)擦拭。如果有較重的霉點或霉斑無法除去。可用棉簽 濕后粘上碳酸鈣粉(含量為99%以上)進行擦拭。擦拭后，應將粉末清除干凈。鏡片是否干凈可用可用鏡片上的反射光線進行檢查。要注意的是，擦拭前一定要將灰塵除凈，否則灰塵中的砂粒會將鏡面劃起溝紋。不準用毛巾、手帕、衣服等去擦拭。酒精乙醚混合不可用的太多，以免脫膠。鏡片表面有一層紫藍色的透光膜，不要誤作污物來擦拭。
(3) 表面涂漆部分，可用布擦拭。但不能使用酒精、乙醚等有機溶劑，以免脫漆