保存顯微鏡的地方溫度低一些較好，如8℃至25℃左右即合適，晝夜溫度不宜超過6℃。不可有直射陽光曬在裝顯微鏡的柜子上，更不可直曬顯微鏡，室內宜干燥，相對濕度65-70%以下。潮濕n顯微鏡的大敵，它會使金屬部分生銹，透鏡膠合部分開膠，玻璃表面長霉等造成得大損失。當相對濕度超過70%時，為了吸濕，在放顯微鏡的柜子內應用燒杯等裝大量胿膠或氯化鈣等吸潮劑，氯化鈣吸濕后會變糊狀，應注意更換。胿膠在吸濕變色后，應取出在烘箱內烘干再用。
在?帶、亞熱帶及沿海地區，由于氣溫高濕度大，光學元件如透鏡、棱鏡等表面常長霉或霧，它會使透射光量減小，降低分辨率，嚴重的完全不能使用。光學玻璃長的霉是空氣中大量存在的曲霉和青霉。長霉的原因和條件是：玻璃上有霉菌孢子侵入，溫度適宜霉菌生長（25℃-35℃），溫度也合適（較適宜為相對濕度80-95%），有霉菌生長所須的營養物質如各種有機物，油垢、髒污、灰塵等。長霉后霉菌絲侵入到玻璃內部，看起來好像在透鏡玻璃表面有些網紋，可是很難擦掉或根本擦不掉。

長霧指光學元件拋光面上有“霧水”一樣的微滴。長的霧有油性纖

對于使用者而言，要防止光學元件長霉或霧，